سازوکار موجود در بهره مندی اقتصاد ملی از درآمدهای حاصل از فروش ثروت های طبیعی (بویژه نفت و گاز) عامل مهم ایجاد اختلاف بین مناطق کشور است. این درآمدها که در دست دولت است از کانال های مختلف و از طریق شکل دهی سازوکارها و نهادهای ویژه خود عدم توازن های موجود را شکل می دهد. سازوکارهای نفتی نادرستی که اکنون در بستر اقتصاد دولتی کشورمان شکل گرفته است، عامل ایجاد اختلاف بین مناطق نیست؛ بلکه خود معلول عواملی بنیادین تری است که در این مقاله تلاش می شود، تبیین گردد. بنا به یافته های این تحقیق که به روش تحلیلی سامان یافته، مالکیت ثروت های طبیعی و سازوکار توزیعی آن از کانال های زیر بر شکل گیری اختلاف بین مناطق دامن زده است: 1) تأثیر بر نظام برنامه ریزی و سیاست گذاری توسعه منطقه ای در نظام کلان برنامه ریزی و سیاستگذاری کشور؛ 2) تأثیر بر نظام مدیریت توسعه منطقه ای در ایران؛ 3) حذف یا کم رنگ کردن مشارکت بخش غیردولتی در اقتصاد ایران؛ 4) تأثیر بر سازوکارهای تخصیص منابع مالی؛ 5) تأثیر برسازوکارهای استفاده از منابع و قابلیت های طبیعی و جغرافیایی، ظرفیت های فیزیکی-کالبدی و مزیت های نسبی و رقابتی منطقه ای و سیاست های توسعه منطقه ای و نهایتاً 6) تأثیر بر عوامل اجتماعی و منابع انسانی.