نظریه تفسیر سه لایه ای از سوی جعفر نکونام مطرح شده و آن به این مضمون است که تفسیر روزآمد از قرآن در گرو به دست دادن سه لایه تفسیری تاریخی، فراتاریخی و عصری است. تفسیر تاریخی ذکر معنایی است که میان عرب حجاز عصر پیامبر$ متعارف بود. تفسیر فراتاریخی نیز عبارت از بیان معنایی کلی و خالی از مختصات قومی و تاریخی از آیات است؛ طوری که آن معنا میان همه اقوام بشری مقبول باشد. تفسیر عصری عبارت از معنایی است که با موارد و مصادیق عصر حاضر قابل انطباق باشد. برخی از مهم ترین مبانی نظریه تفسیر سه لایه ای عبارت اند از: تاریخمندی قرآن، عرفی بودن زبان قرآن، حاشیه بر متن بودن قرآن. به نظر برخی از ناقدان مبنای تاریخمندی قرآن ناقض عمومیت و جاودانگی قرآن دانسته شده است؛ منتها این نظریه مدعی است که تفسیر سه لایه ای منافی عمومیت و جاودانگی قرآن نیست و تاریخمندی قرآن فقط ناظر به لایه تاریخی است. امّا مبنای حاشیه بر متن بودن، معارض تبیان کل شیء بودن قرآن به شمار رفته است؛ اما در این نظریه آیه مورد اشاره فقط ناظر به مسائلی دانسته شده که در دوره رسالت پیامبر$ مطرح بوده است که از آن به حاشیه تعبیر شده است؛ نه تمام حاجات بشر تا ابد. در نقد دیگر مبنای عرفی بودن قرآن منافی حقانیت آموزه های قرآن شمرده شده است؛ اما صاحب نظریه این مبنا را مخل به حقانیت قرآن نمی داند؛ چرا که قرآن با باورها و سنت های باطل مقابله کرده و وجود برخی از گزاره های باطل در قرآن از قبیل جدل و مماشات شمرده می شود. ضمناً این نظریه در برخی موارد با نظریات ابوزید و فضل الرحمان مشابهت هایی دارد که نو بودن آن را نفی می کند. منتها نکونام بر این نظر است که نو بودن یک نظریه به تمایزات آن نظریه است و از جمله تمایزات این نظریه این است که این نظریه بر خلاف نظریه فضل الله که فقط ناظر به آیات احکام بود، تمام آیات قرآن را اعم از آیات احکام و غیر احکام در برمی گیرد. و بالاخره از دیگر اشکالات این نظریه مناسب نبودن تعبیر لایه در عنوان نظریه و رجحان تعبیر مرحله به جای آن و نیز مناسب نبودن تعبیر تفسیر بر مرحله عصری و رجحان تعبیر تطبیق به جای آن است. منتها صاحب نظریه کاربرد این تعابیر را تسامحی دانسته و با تعریفی که به دست می دهد، مشکل را قابل رفع می شمارد.