تاریخ نگاری علمی که پس از تحولات روش شناسی و پیشرفت های حوزه نظری تاریخ، از غرب آغاز شد، بینش و روش مورخان را ارتقا داد و اصول تازه ای برای تاریخ پژوهشی بنیان نهاد. مورخان معاصر ایرانی نیز با الهام از این پیشرفت ها، آثاری با چهارچوب های جدید علمی پدید آوردند، ازجمله سیدجعفر شهیدی، با وجود خاستگاهی حوزوی و سنتی توانست از دستاوردهای جدید علم تاریخ در حوزه های پژوهشی تاریخ اسلام و تاریخ زندگانی امامان شیعه(ع) بهره گیرد. مسئله محوری پژوهش حاضر بررسی و تبیین اصول تاریخ پژوهی در آثار این مورخ برای پاسخ به این پرسش است که مؤلفه های تاریخ نگاری شهیدی چیست و آیا می توان آنها را روشمند و علمی دانست. به نظر، شهیدی در مقام مورخی مسلمان و شیعه معتقد متأثر از تغییرات اجتماعی و برای پاسخ به دغدغه های شخصی و نیازهای عصری، درصدد بوده ضمن قرائتی تازه از تاریخ اسلام، از حیات پیشوایان دینی نیز به منزله الگوهایی انسانی و اخلاقی، تصویری تاریخی و به دور از شوائب، اوهام و زوائد ارائه کند؛ این کوشش ها با هدف تقویت و ترویج دین و اخلاق، به نوعی «تاریخ نگاری دینی» منجر شده است. تاریخ نگاری این مورخ واجد مؤلفه های روش شناسی مهمی همچون جرح وتعدیل علمی و انتقادی روایت ها، تلاش برای تبیین تاریخی و روشمند برخی انگاره های عقیدتی، بهره گیری نسبی از رویکردها و مبانی سایر علوم برای ارائه تحلیل های جامع و نقد آرا برخی نویسندگان مسلمان و مستشرقان است. شهیدی به عنوان مورخی ادیب تلاش کرده است اصول پیش گفته را به صورت علمی و روشمند، با ادبیاتی گویا و مبتنی بر گفت و شنودِ پرسش محورانه با سوژه های تاریخی به کار بندد، گرچه در موضوعاتی نیز از توصیفات سنتی فراتر نرفته و بینشی متکی بر ستون شریعت و تحت تأثیر انگاره های عقیدتی دارد، با این وصف شاید بتوان او را تاریخ نگاری «نوسنت گرا» به شمار آورد.
