به رغم تأکیدات مقام معظم رهبری بر اصلاح ساختار بودجه، وجود برخی مشکلات مانع اصلاح ساختار بودجه شده است. از مهم ترین دلایل عدم اصلاح ساختار بودجه، می توان به وابستگی منابع بودجه عمومی دولت به درآمدهای نفتی، عدم اراده جدی برای افزایش درآمدهای مالیاتی و حذف معافیت های مالیاتی نامناسب، عدم شفافیت در فرآیند بودجه ریزی، وجود گروه های ذی نفع و تعارض منافع حزبی و ملی، تنظیم بودجه غیرکارشناسی و ناکارآمدی ترکیب درآمدهای مالیاتی در بودجه اشاره کرد. تجربه سال های اخیر نشان داده است که عدم اصلاح ساختار بودجه، در نهایت به کسری بودجه مزمن در اقتصاد کشور منجر شده که با توجه به نقش و اختیارات دولت در اقتصاد ایران، عملکرد بخش های مختلف اقتصاد کلان کشور را نیز تحت تأثیر قرار داده است. به منظور اصلاح ساختار بودجه کشور: 1) اصلاح و تعدیل معافیت های مالیاتی، 2) اعمال مالیات بر درآمد شخصی، 3) گسترش پایه های مالیاتی، 4) تصویب بودجه واقعی و نه کاغذی، 5) تصویب بودجه شرکت های دولتی در لایحه بودجه سالانه، 6) اصلاح فرآیند تصویب و تدوین قوانین بودجه و 7) ارائه اصلاحیه بودجه و شفاف سازی در تخصیص اعتبارات در زمان مواجهه به کمبود اعتبارات پیشنهاد می شود.