انقلاب اسلامی ایران متأثر از عقلانیت اسلامِ شیعی، در پیشبرد اهداف کلان خود، تمدن نوین اسلامی، با چالش هایی مواجه است. چالش های فکری و به تعبیری «عقلانیت»، بنیادی ترین چالش ضد یک نظام فکری است. به نظر می رسد عقلانیت سکولار، بنیادی ترین چالش پیشروی عقلانیت اسلام تمدن گرا، در زمینه و زمانه جمهوری اسلامی است. دراین راستا، این نوشتار با کاربست روش کیفی از نوع هرمنوتیک متن گرا درصدد پاسخ به این سؤال است: «لایه های فکری و نمودهای اجتماعی چالش سکولاریسم با اسلام تمدن گرا» چیست؟ یافته های تحقیق بر این نکته تأکید دارد که ریشه این چالش در مسئله معرفت دینی است. تمایز دوگانه در امر شناخت، منجر به دلالت ها و تجویزهای سیاسی- اجتماعی مختلفی در اصول و روند حکمرانی در دوره جمهوری اسلامی گردیده است. امکان یا امتناع علوم انسانی اسلامی، دینی یا عرفی اداره کردن جامعه، تاریخی بودن یا رسالت تمدنی قائل شدن برای انقلاب اسلامی، ذاتی یا عرضی بودن هنجارهای اسلام سیاسی، نظیر استکبارستیزی، از مهم ترین نمودهای اجتماعی این چالش است. اقناع فکری و اتقان نظری، لازمه فائق آمدن بر چالش سکولاریسم است که در این نوشتار اجمالاً ازنظر اسلام تمدن گرا به آن پرداخته شده است.