اصل برائت کیفری یکی از مؤلفه های اساسی عدالت کیفری و دادرسی عادلانه است که به موجب آن همه افراد جامعه بی گناه فرض می شوند؛ مگر اینکه اتهام آن ها برابر قانون، فراتر از هرگونه شک و تردید معقول در مرجع قضایی صالح احراز شود. با وجود حاکمیت فراگیر اصل برائت در امور کیفری، در موارد استثنایی از اعمال این اصل عدول می گردد. در این مقاله در پی پاسخ به این پرسش ها هستیم که مفهوم و آثار عدول از اصل برائت کیفری چیست؟ و مبانی و چرایی تقدیم اماره مجرمیت بر اصل برائت چیست؟ در قسمت اول پژوهش حاضر پس از تبیین مفهوم اصل برائت و اماره مجرمیت و آثار آن ها به این نتیجه رسیده ایم که در اماره مجرمیت برخلاف اصل برائت، بار اثبات اتهام معکوس گردیده، مقام تعقیب بی نیاز از ارائه دلایل و اثبات مجرمیت متهم است، و این به عهده متهم است که برای رد اماره مجرمیت و اثبات بی گناهی خود، ارائه دلیل نماید؛ ازجمله عواید ناشی از قاچاق مواد مخدر و پول شویی، لوث در جنایت، مسئولیت ناشی از فراخواندن شبانه و مشکوک دیگری از محل اقامتش، عضویت در دسته یا جمعیتی که هدف آن برهم زدن امنیت کشور است. در قسمت دوم مقاله مهم ترین مبانی و دلایل عدول از اصل برائت ازجمله ضرورت حفظ مصلحت و منفعت اجتماعی، ضرورت تسهیل اثبات جرائم پیچیده و خطرناک، ضرورت ایجاد تناسب و توازن بین طرفین دعوی، ضرورت توجه به شرایط و اوضاع و احوال خاص، اقتضای عدالت کیفری، امنیت گرایی در تعقیب بعضی از جرائم را تبیین و تشریح نموده ایم. ضمن اینکه نباید از این نکته مهم غافل بود که در راستای رعایت عدالت، حفظ نظم عمومی و حقوق افراد جامعه همچنان باید اصل برائت به عنوان عنصر اساسی در فرایند کیفری باقی بماند و عدول از آن و تقدیم اماره مجرمیت، امری استثنایی و فقط به موجب قانون قابل توجیه است.