از مسائل نوین علوم پزشکی، مسأله کالبد شکافی است که هر چند با اهداف اولیه متفاوتی مثل نجات جان فرزند زنده در شکم مادری که از دنیا رفته یا آموزش دانشجویان رشته علوم پزشکی و... صورت می پذیرد، اما هدف نهایی تأمین سلامت بهتر و بیشتر انسان است. از آنجا که این مسئله سابقة طولانی ندارد، فقهای گذشته دربارة حکم شرعی آن به طور خاص بحث نکرده اند.
نوشتار حاضر در صدد بحث پیرامون حکم شرعی این موضوع و برخی مسائل مربوط به آن بر مبنای آرای امام خمینی است، که پس از توضیح مختصری پیرامون «اصل اباحه» به عنوان اصل اولی در مورد اشیاء و افعال، به بررسی ادله ای که ممکن است برای خروج از این اصل در مسئلة تشریح جسد به آنها استناد گردد، پرداخته و به این نتیجه رسیده ایم که کالبد شکافی جسد مسلمان در شرایط عادی به دلیل روایات معتبر و متعددی که بر لزوم حفظ احترام بدن میت مسلمان دلالت دارند، جایز نیست، اما در شرایط اضطراری این حکم می تواند به صورت موقت تغییر کند. همچنین کالبدشکافی افراد غیرمسلمان و نیز اشخاص به ظاهر مسلمانی که به دلیل دشمنی با اهل بیت(ع)، احکام کفار برآنها جاری می گردد، بلا اشکال است. همچنین مسئلة لزوم پرداخت دیه به سبب قطع اعضای بدن میت و نحوه عمل به روایات مربوط به آن در ارتباط با کالبد شکافی مطرح شده است ودر پایان به حکم اخلاقی کالبدشکافی پرداخته شده و به این نکته اشاره شده که حتی در مواردی که این عمل مشروعیت فقهی دارد، از جهت اخلاقی نامطلوب بوده و لذا جز در موارد ضروری نباید به انجام آن مبادرت ورزید.
