اجرای گام دوم هدفمندسازی یارانه ها که توأم با اصلاح قیمت حاملهای انرژی بود، اثرات متعددی بر اقتصاد کشور دارد. یکی از مهمترین اثرات، تغییر شرایط رفاهی و محیط زیستی کشور است. در این مقاله با استفاده از مدل تعادل عمومی، اثرات محیط زیستی و رفاهی اصلاح یارانه حامل های انرژی در این مرحله طی دو سناریو بازتوزیع درآمدی (پرداخت درآمد به طور کامل و مساوی بین خانوارها و پرداخت درآمد مطابق با قانون هدفمندسازی یارانه ها) مورد تحلیل قرار گرفته است. در مدل طراحی شده، اقتصاد ایران شامل 26 بخش است. خانوارها نیز به تفکیک شهری و روستایی و در دهک های درآمدی در نظر گرفته شده است. عوامل تولید شامل نیروی کار ماهر، نیروی کار غیرماهر و سرمایه است. حامل های انرژی شامل برق، گازطبیعی، گاز مایع، بنزین، نفت سفید، نفت کوره و گازوییل است. سناریوی بازتوزیع تمامی درآمد میان خانوارها، در میان خانوارهای شهری حدود 16 درصد و در میان خانوارهای روستایی 53 درصد افزایش رفاه ایجاد می کند. این ارقام برای سناریوی بازتوزیع نیمی از درآمد میان خانوارها، به ترتیب حدود 3 درصد و حدود 25 درصد است. در بررسی اثرات زیست محیطی، نیز مشخص شد اصلاح قیمت حامل های انرژی در مجموع بر کاهش انتشار آلاینده ها موثر است.