یکی از نخستین محصولاتی که توسط ملاصدرا در زمینة مستعد حکمت متعالیه به بار نشست، نظریة توفیق و هماهنگی میان عقل و وحی است. حکمت متعالیة ملاصدرا در مقام داوری تنها به برهان ملتزم است. معارف دینی از نظر حکیم متاله از سه راه ظواهر نصوص، عرفان و حجت عقل قابل تحصیل است. در این میان، ادلة نقلی تنها با احراز چند شرط مهم از جمله عدم تعارض با اصول عقلی قابل اعتنایند. بدین ترتیب هیچگاه میان دلیل عقلی که دلالتش قطعی است و دلیل نقلی (با دلالت ظنی) معارضه ای رخ نداده و در صورت وقوع، دلیل عقلی ترجیح می یابد. برخی از پیروان حکمت متعالیه میان عقل و بخشهای مختلف معارف دینی نسبتهایی چون معیار و میزان، مصباح و سرانجام مفتاح یافته اند. ملاصدرا در اجرای عملی طرح توفیق میان عقل و دین، به اثبات فلسفی معاد جسمانی نیز اقدام می کند. این تلاش او از جهاتی چند قابل تأمل است. در ادامه، نظریة «وحدت حقیقت فلسفی و حقیقت دینی» به عنوان مبنای طرح توفیق عقل و دین مطرح شده و برخی از آراء مخالفان گزارش می شود. سرانجام تفاوت روی آورد متألهانی چون طباطبایی با نگرش صدرالمتألهین مورد تأکید قرار می گیرد.
