نظریه اتحاد عاقل و معقول جایگاهی ویژه در حکمت متعالیه دارد. برخی از فلاسفه مانند ابن سینا آن را انکار کرده اند؛ لیکن ملاصدرا در موضع قبول آن است. این اختلاف نظر به دلیل اختلاف در مبانی این دو فیلسوف است؛ چنان که می توان گفت این نظریه فقط بر اساس مبانی حکمت متعالیه قابل تصور است. مفاد این نظریه بر اساس دیدگاه های رایج، اتحاد نفس با صور علمیه خود است. مبانی و نظریات ویژه ملاصدرا درباره ماهیت نفس و نیز در معرفت شناسی، امکان ارائه تفسیری خاص را از این قاعده فراهم می کند. نظر رایج درباره فرایند ادراک، تأثر از جهان خارج و صعودی بودن معرفت است، اما ساحتی از معرفت به نحو نزولی وجود دارد. بر مبنای بساطت نفس، هر شیئی در جهان خارج، اصل و حقیقتی در باطن یا مرتبه عقلانی انسان دارد. در صورت ظهور این بساطت، تمام آنچه به عنوان ادراکات عقلی، خیالی و حسی به نفس نسبت داده می شود، ظهور آن اصل در مراتب مادون، از جمله خیال و حس است. ملاصدرا در نظریه اتحاد عالم و معلوم به این ساحت از معرفت نظر دارد، که بهترین تعبیر برای آن، با توجه به وحدت ظاهر و مظهر، وحدت علم و عالم و معلوم است
