بحث آگاهی و «من» از مهم ترین مباحث تاریخ فلسفه است. ملاصدرا مانند سایر فلاسفه اسلامی، مفهوم «من» و آگاهی را به نفس نسبت می دهد. لکن وی بر خلاف فلاسفه پیشین سعی کرد تبیینی یگانه انگارانه از رابطه نفس و بدن ارائه دهد تا مشکلی را که پیشینیان بر اساس تبیین دوگانه انگار از نفس و بدن داشتند، حل کند. از نظر وی، انسان را جوهری در حال حرکت است که از نحوه وجود ضعیف تری به نام بدن به نحوه قوی تری از وجود به نام نفس مجرد تبدیل می شود. این در حالی است که در علوم اعصاب، آگاهی را به مغز نسبت می دهند و معتقدند که «من» نیز از آگاهی به دست می آید. اما عصب شناسان هنوز توضیح کاملی درباره چگونگی آگاهی ارائه نکرده اند. از این رو با استفاده از آسیب های مغزی که باعث تغییر و از دست دادن آگاهی می شود، نظریه خود را توجیه می کنند. لکن از آنجا که در حکمت متعالیه، نقش مغز در فرایند آگاهی انکار نشده است، این دلیل برای توجیه مادیت آگاهی کفایت نمی کند. طبق دیدگاه حکمت متعالیه، آگاهی را نمی توان صرفاً به ماده (مغز) نسبت داد، هرچند که فعل و انفعالات مغز، زمینه ساز آگاهی هستند. اما طبق این دیدگاه، آگاهی و «من» امر مجردی است که عامل وحدت دهنده ادراکات مختلف است و توانایی تجزیه و تحلیل و مقایسه این ادراکات را دارد، در حالی که در علوم اعصاب، در مورد چنین عاملی، تبیینی ارائه نشده است.
