فرآیند تکوین علم دینی به این نحو قابل تصور است که پشتوانه های متافیزیکی برگرفته از اندیشه های دینی در مراحل مختلف فعالیت علمی به کار گرفته شود؛ به سخن دیگر، هرگاه مضامین متافیزیکی بتوانند در مراحلی چون گزینش مسئله، انتخاب مفاهیم و الگوهایی برای فهم مسئله، طرح پ ژوهش، انجام مشاهده، پیش بینی و تفسیر، تاثیرآفرینی خود را آشکار کنند، فرآیندی شکل گرفته است که محصول آن، دانش هایی متناسب با اندیشه های دینی خواهد بود.
بنابراین، اندیشه توحیدی پژوهشگر و نوع نگاه او به هستی در پژوهش او و نتایج حاصل از تحقیق او تاثیر می گذارد. قطعاً یک پژوهشگر موحد جهان را یک قطبی دیده و برای موجودات ماهیت «از اویی» و «به سوی اویی» قائل است. در چنین تفکری با توجه به تعریفی که از انسان و نیازهای مادی و دنیایی او می شود، جهت گیری علم در راستای رسیدن انسان به کمال قرب الاهی قرار می گیرد.
در متون دینی و سیره ائمه نیز تشویق به پژوهش علمی و ارائه شیوه های مناسب تحقیق و استفاده از نتایج این پژوهش ها جهت تقویت بینش توحیدی (افزایش ایمان) و تصحیح شیوه زندگی و نحوه برخورد با طبیعت و موجودات (عمل صالح)، مشاهده می شود. علم کیمیای جابربن حیان نمونه ای عینی از علم دینی است که در تاریخ تمدن اسلامی شکل گرفت؛ علمی که از جهت روش، هدف، فرضیه پردازی و تفسیر تحت تاثیر اندیشه دینی قرار داشت.
