علامه جعفری با تکیه بر مفهوم «فرهنگ مشترک بشری» اندیشمندان مختلف در ازمنه و جوامع گوناگون را با یک دید کل نگرانه مورد توجه قرار می دهد و با روش شناسی خاص خود، معرفت دینی را به گونه ای صورت بندی می کند که توجه به آن، ما را به بازنگری و بازاندیشی حوزه های متفاوت اندیشه و الگوهای فکری رایج دعوت می کند. او معرفت دینی را برآیند اقالیم هفت گانه معرفتی (علمی، فلسفی، شهودی، حکمی، اخلاقی، عرفانی، مذهبی) می داند. بر این اساس تقسیم معرفت به دو طیف دینی و سکولار کارکرد و مفهوم خود را از دست می دهد. سکولار اساسا نه به معنی غیر دینی یا ضد دینی بلکه مفهومی خاص جامعه مسیحی به معنای غیررهبانی است که مسلمانان با درونی کردن این مفهوم، آن را به عنوان بنیان نظری و فکری زیست جهان خود برگزیده اند؛ در حالی که دین اسلام هم تفسیر رهبانی و هم تفسیر روحانیتی از دین را نفی می کند و تفقه و ارتباط بی واسطه با خدا را مدنظر قرار می دهد. لذا می توان به جای دوگانه دینی/ سکولار با توجه به مفهوم «عرف» و «فرهنگ مشترک بشری» صورت بندی جدیدی از زیست جهان اسلام ارائه کرد که ریشه در سنت تاریخی و تعابیر فرهنگی و دینی مسلمانان داشته باشد.
