در دوره صفویه، میدان نقش جهان به عنوان مجموعه معماری حکومتی شاخص در اصفهان ساخته شد. میدان نقش جهان از چهار ساختمان ویژه تشکیل شده که هر کدام دارای کارکرد مجزا بوده است. بنای شیخ لطف الله، سومین اثر ویژه ساخته شده است که در شرق میدان و مقابل کاخ عالی قاپو قرار دارد. تغییرات پدید آمده در کالبد این ساختمان و بناهای هم جوار آن، شناخت کارکرد اصیل آن را دچار اشکال کرده است. این مقاله بر آن است تا تحلیل مناسبی از کارکرد اولیه بنا و تحولات آن در گذر زمان ارائه دهد. بررسی اسناد تاریخی هم زمان با ساخت بنا و همچنین اسناد تألیف شده توسط افرادی که در مدرسه به تحصیل یا تدریس می پرداختند، کارکرد آن را در گذر زمان آشکار ساخت. تحلیل اسناد مرتبط با کاربری بنا مشخص می کند کارکرد بنای شیخ لطف الله در زمان ساخت، مدرسه بوده است. این مدرسه با توجه به وسعت آن، نمازخانه بزرگی را در بر می گرفته است. بعدها با توجه به شباهت این بخش با مسجدها و تخریب قسمت های وابسته به تدریس بنا، این ساختمان را مسجد نامیده اند. از سوی دیگر، در بناهای آموزشی مشابه، عمدتا کاربری آموزشی و نیایشی تکمیل کننده یکدیگر بوده است؛ بنابراین نام گذاری این بناها براساس گستره کارکردی غالب آن بوده است . روش پژوهش در این تحقیق ترکیبی از بررسی اسناد توصیفی در کنار مطالعه مقایسه ای بناهای مشابه و تحلیل شکلی و مفهومی استوار است. در این راستا این پرسش مطرح می شود که کارکرد اولیه بنای شیخ لطف الله چه بوده و در گذر زمان چه تحولاتی داشته است؟