از مهم ترین چالش های پیش روی حکومت کنونی مصر، چالش جایگاه اسلام در ساختار حقوق اساسی آن کشور است. اصل 2 آخرین قانون اساسی مصر (مصوب 2014.م) گستره ورود اسلام به حیطه حکمرانی را بیان می کند. این اصل که برگرفته از قوانین اساسی سابق است، جایگاه حداقلی را برای رعایت احکام اسلامی در نظر می گیرد و بر مبنای انسداد باب اجتهاد، فقط احکام قطعی اسلام را جهت تطبیق قوانین با آنها معتبر می داند. پارلمان و قوه قضاییه هیچ الزامی برای رعایت نظر مشهور فقها ندارند و ملزم به تبعیت از قرائت خاصی از شریعت نیستند. در زمینه نهاد صیانت از احکام اسلامی، هیچ جایگاه قانونی در نظر گرفته نشده و نهاد شورای بزرگان الازهر که در قانون سابق نیز بود، حذف شده است و جایگاه الازهر به نهاد علمی محض تقلیل داده شده است. با توجه به حضور حداقلی مردم در همه پرسی قانون اساسی می توان برداشت کرد که قانون اساسی مصر برخلاف نظر اکثریت مطلق مردم، به سمت سکولاریسم گرایش یافته است.