مهدویت پژوهی به عنوان یک حوزه مطالعاتی، موضوع، مبانی، اهداف و مسائل خاص خود را دارد. مسائل مهدویت پژوهی، مقولاتی است که از عوارض ذاتی موضوع (مهدویت) بحث می کند؛ مانند انتظار، غیبت، ظهور و غیره. حوزه مطالعاتی مهدویت پژوهی به جهت بهره مندی از وسعت موضوعی و کثرت و تنوع مباحث، به روش های مختلف برای اثبات و توجیه مسائل نیاز دارد. مسائل مهدویت پژوهی مبتنی بر نوع نگرشی که برای تبیین و تفسیر آنها به کار گرفته می شود، با استفاده از روش های مختلفی توجیه می گردند. مسائل مبتنی بر نگرش هستی شناختی با روش عقلی توجیه می شوند؛ برای اثبات مسائل مبتنی بر دین شناختی از روش نقلی روائی بهره گرفته می شود؛ توجیه مسائل مبتنی بر نگرش تاریخی به روش نقلی تاریخی نیاز دارد و مسائل مبتنی بر نگرش وجدانی نیز با بهره گیری از روش فطری اثبات می شوند. به طور کلی حوزه مهدویت پژوهی به جهت تنوع و تکثر مسائل و چند تباری بودن آنها با روش های گوناگونی سامان می یابد که چنان که گفتیم یکی از آن ها، روش فطری است. فطری بودن مهدویت با دو رویکرد انسانی و دینی توجیه می شود؛ رویکرد انسانی که از گرایش ها و خواسته های درونی و قلبی بشر بر می خیزد و رویکرد دینی، همان گزارش هایی است که از آیات و روایات استنباط می شود.