در سال های اخیر، استفاده از روش مدل سازی معادلات ساختاری در مطالعات گردشگری به طور کامل گسترش یافته است. با این حال، در هنگام استفاده از این روش، چالش هایی وجود دارد که باید شناسایی و رعایت شود. بر این اساس، هدف تحقیق حاضر، شناسایی و تحلیل زمینه های چالش برانگیز و مشکل ساز در استفاده از SEM در تحقیقات گردشگری در ایران است. پژوهش حاضر، مبتنی بر مطالعه ی مروری به صورت نظام مند و از طریق تحلیل داده های ثانویه انجام شده است. جامعه ی آماری این تحقیق، مقالات نشریه های داخلی گردشگری (علمی-پژوهشی مصوب وزارت علوم) از ابتدای انتشار فصلنامه ها تا پایان سال 1396 هستند. روش نمونه گیری فرآیند هدفمند بود که پس از طی این فرآیند، حجم نمونه ی آماری تعداد 116 مقاله تعیین شد. تحلیل داده ها مبتنی بر دو رویکرد از طریق نرم افزار SPSS25 انجام پذیرفت؛ رویکرد اول: تحلیل توصیفی مقالات و رویکرد دوم: تحلیل چالش های کاربرد روش SEM. نتایج نشان می دهد که عدم بررسی حجم نمونه لازم، عدم انجام آزمون نرمالیته توزیع داده ها، عدم گزارش کامل تجزیه ی اثرات و اندازه اثر R2 و گزارش انتخابی و سلیقه ای شاخص های برازش از جمله مهمترین آسیب ها و چالش های محققان ایرانی در استفاده از SEM در تحقیقات گردشگری هستند. توصیه های علمی مبتنی بر رفع این چالش ها ارائه شده است.