ایجاد و مدیریت مناطق حفاظت شده در دریاهای آزاد، یکی از اهداف سازمان ملل متحد در موافقت نامه اجرایی جدید و الحاقی سوم به کنوانسیون حقوق دریاها است که در سال های اخیر بحث آن داغ شده است. از این حیث، بررسی ابعاد ایجاد و مدیریت مناطق حفاظت شده در دریاهای آزاد واجد اهمیت و از اهداف و موضوع این نوشتار است. روش تحقیق در این نوشتار از نوع توصیفی-تحلیلی و متکی به مقررات کنوانسیون حقوق دریاها و کنوانسیون تنوع زیستی است. پرسش اصلی پژوهش این است که چالش های پیش روی سازمان ملل متحد در ایجاد و مدیریت مناطق حفاظت شده در دریاهای آزاد چیست؟ یافته های پژوهش نشان می دهد که تحقق این هدف مستلزم پیش بینی سازکارهای اجرایی موثر و الزام تمام دولت ها و سازمان بین المللی دریانوردی، سازمان های مدیریت شیلات منطقه ای و مقام بین المللی دریاها به شناسایی، اجرا و تبعیت از محدودیت های حاکم بر مناطق حفاظت شده در دریاهای آزاد است. لیکن الزام و هماهنگی میان بخش های مختلف حقوق بین الملل دریاها واجد چالش هایی است که ریشه در سازکارهای پراکنده، متفاوت و ناهماهنگ دارند. برقراری اجماع و توازن میان ظرفیت های پیش رو و پوشش آن در دریاهای آزاد نیازمند اراده جدی و وفاق عمومی است که در حال حاضر مفقود می باشد.