یکی از مهم ترین مسائل مورد مناقشه درباره اندیشه و فکر سیاسی بنیان گذار جمهوری اسلامی، تفاوت فکر سیاسی وی در دهه های 20 و 30 با دهه 40 به بعد است. به ویژه آنجا که به نظر می رسد در کتاب «کشف اسرار» به نوعی نظارت فقیه بر ساختار سیاسی باور دارد و در کتاب «ولایت فقیه»، لزوم حکومت اسلامی به زعامت فقیه را اثبات می نماید. بر این مبنا، پرسش مهمی مطرح می-شود. آیا در کتاب «کشف اسرار» نباید به دنبال اندیشه حکومت اسلامی به آن معنا که در کتاب «ولایت فقیه» تبیین شده، باشیم؟ بسیاری از پژوهشگران از منظرهای مختلفی به این پرسش پاسخ مثبت داده اند. اما یافته های پژوهش حاضر که عمدتاً مبتنی بر بررسی زمینه های نظری است، نشان می دهد که در واقع تحول اساسی در فکر سیاسی آیت الله خمینی رخ نداده و اندیشه حکومت اسلامی را که در کتاب «ولایت فقیه» توضیح داده شده، می توان در کتاب «کشف اسرار» نیز جست وجو نمود؛ البته نه بدان صراحت. این عدم صراحت نیز عمدتاً به دلایل تاریخی، سیاسی و مذهبی بوده است.