در عصر جدید تعارض میان علم و دین به یکی از مهم ترین دغدغه های خداباوران تبدیل شده است. برخی از خداناباوران با بهره از فرضیه های علمی، باور های دینی را به چالش کشیده اند و عده ای دیگر تلاش دارند بر اساس یافته ها و فرضیه های علم مدرن، درتقویت مسأله شر، به عنوان اصل ترین دلیل فلسفی برای خداناباوری، دفاعیه ها و تئودیسه هایی که خداباوارن برای حل مسئله ی شر ارائه داده اند را تضعیف کنند. در این مقاله با بررسی علم مدرن در ساختار، دلالت و روش، نشان خواهیم داد که علم مدرن را نمی توان به عنوان استدلالی برای خداناباوری در نظر گرفت و همچنین با بررسی مسئله ی شر در دو بخش شر اخلاقی وشر فیزیکی، بدون آنکه بخواهیم میزان موفقیت مؤمنان در ارائه ی دفاعیه ها و تئودیسه ها در مسئله ی شر را داوری کنیم، بیان خواهیم کرد که چه در شر اخلاقی و چه در شر فیزیکی، علم نمی تواند دفاعیه ها و تئودیسه های خداباوران را تضعیف کند و به طور غیر مستقیم مؤیدی بر خداناباوری باشد.