به طور عام در سنت خاندان و حاکمیت صفوی، تعداد زیادی از سابقین این خاندان با عنوان مشایخ صفوی، از شیخ صفی تا شاه اسماعیل، از احترام ویژه و موقعیت قدیس گونه ای برخوردار بوده اند، اما در میان اعضای این خاندان شیخ جعفر صفوی فرزند خواجه علی، حالتی خاص و منحصر به فرد و استثنائی دارد. این عضو خاندان صفوی نه تنها در سنت تاریخی- روایی و خاندانی- حکومتی صفویان جایگاهی ندارد، بلکه به طور واضح و بارزی کینه توازنه مورد نفرت واقع شده بود. درحالی که این شیخ صفوی تا حد زیادی مورد توجه حاکمیت های معاصر بوده و از احترام فراوانی برخوردار بوده است. علاوه بر آن، منابع معاصر تیموری و ترکمانی نیز با لحنی مساعد و مناسب و با تکریم از وی یاد کرده اند. لذا در این میان تناقض خاصی وجود دارد. منابع صفوی با ابهام و اجمال فراوان و با اغراق و مبالغه، این موضع گیری خصمانه را در راستای امر تعیین جانشینی و مخالفت شیخ جعفر با جایگزینی جنید مطرح کرده اند که ضمن آن، با حرارت خاصی پای جهانشاه قراقویونلو را نیز به این ماجرا کشانده اند؛ تا جایی که خروج جنید از اردبیل را به وی منتسب کرده اند. حال با توجه به این تناقضات و ابهامات، آیا ادعاهای منابع و سنت صفویان درباره امر جانشینی و حقانیت جنید مبدأ و منشأیی دارد؟ آیا به راستی شیخ جعفر مرتکب رفتار ساختارشکنانه ای در خاندان صفوی شده است؟ نگارنده این مقاله درصدد است ضمن بیان مقام و موقعیت این شیخ صفوی، چرایی و چگونگی مقابله او با جنید و تبعات آن را مورد بررسی قرار دهد.