واکاوی ریشه ها و علل پیدایش جریان های فکری در زمان ائمه(ع) به ویژه عصر امام باقر(ع) از اهمیت خاصی برخورداراست. در این نوشتار با تکیه بر اسناد تاریخی و تحلیل برخی از دیدگاه ها می توان دریافت که زمینه ی به وجود آمدن این گونه افکار چگونه نشأت گرفته است؟ مسائلی چون اباحه گری، ناآگاهی، دنیاطلبی، اختلافات فرقه ای، تأثیر فراوان ادیان خارجی و افراط در محبت و... ازجمله زمینه های به وجود آمدن تفکر غلات است. جهل و سکوت مردم و بی تفاوتی نخبگان و... ازجمله علل پیدایش جنبش مرجئه و عواملی چون نارضایتی گروهی از وضعیت موجود، روحیه تمرد و تعصب های قبیله ای را می توان ازجمله ریشه های پیدایش خوارج نام برد. در این میان نقش امام باقر(ع) در مبارزه با نحله های فکری موجود آن روز از اهمیت خاصی برخوردار است. چراکه ایشان با پاسخ دادن به شبهات دینی، مناظره با فرقه های منحرف و فاصله گرفتن از دخالت در امور سیاسی، خدمت بزرگی به اسلام نمودند و بدین شیوه از اصول و مبانی دین اسلام دفاع نموده و به نشر تعالیم احکام اسلام پرداختند و با بیانی روشن ماهیت آنان را افشا نموده و با قاطعیت آنان را از حوزه تشیع دور ساختند.