نظریه درستی اصول مذاهب و جریانهای فکری رایج و نحوه مواجهه صحیح با این عقاید، یکی از مسائلی است که عین القضات در آثار خود به توضیح و تبیین آن می پردازد. وی با ارائه دلایل و مثالهای گوناگون، معتقد به صحت و درستی اصل و اساس عقایدی است که بر پایه آنها مذاهب و مکاتب مختلفی ایجاد شده است و به سالکان حقیقت توصیه می کند در برخورد با عقاید و نظرات گوناگون، سعه صدر بیشتری داشته و به جستجوی حقیقت آنها برآیند، تا اختلاف آراء و نزاعهای سطحی، برطرف و درکی درست از حقیقت مذاهب حاصل گردد. اگرچه عین القضات تا جای ممکن می کوشد دلایل و مثالهای متعددی بر مدعای خود بیان کند، اما بر مبنای روش عرفانی، درک حقیقت این مسئله را آن گونه که خود یافته است منوط به کشف و شهود می داند. نظریه عین القضات از دو جهت اهمیت دارد: اول، از لحاظ اخلاق پژوهش، شیوه درست برخورد با آراء و عقاید مختلف را بیان می کند، دوم، به لحاظ اجتماعی و کاربردی، می تواند نقش بسزایی در همزیستی مسالمت آمیز مذاهب و نحله های فکری مختلف ایفا کند.
