یکی از مهم ترین سازه های بومی ایران در ارتباط با اقتصاد کشاورزی، بناهای موسوم به کبوترخانه است. استان اصفهان از مناطقی است که در زمینه پیشینه و ساخت کبوترخانه در تاریخ بومی ایران نقش بسزایی داشته است. از آنجایی که کبوترخانه های گلپایگان و خوانسار تاکنون از نظر تاریخی و باستان شناسی به دقت مطالعه نشده اند، پژوهش حاضر در تلاش است؛ اهمیت بناهای مذکور را در این پهنه ی فرهنگی با توجه به مناسبات سیاسی، اقتصادی و جغرافیایی روشن سازد. روش به کار رفته علاوه بر مطالعه منابع تاریخی، فعالیت میدانی باستان شناسی بررسی پیمایشی فشرده است. به منظور دستیابی به اهداف یاد شده 146 کبوترخانه در شهرستان های گلپایگان و خوانسار شناسایی، سپس از نظر تاریخی، الگوی پراکنش، عملکرد، میزان فعالیت، قدمت و معماری مطالعه شده اند. نتایج پژوهش نشان می دهد بیشتر کبوترخانه ها در امتداد رودخانه درازرودخانه گلپایگان و رودخانه ی خوانسار پراکنده شده و عموماً مربوط به اواخر دوره قاجار بوده اند. کبوترخانه های خوانسار و گلپایگان برخلاف سایر کبوترخانه های مناطق اصفهان که استوانه ای شکل هستند، با نقشه چهارکنج (مستطیلی) بنا شده اند. یافته های دیگر پژوهش نشان می دهد کارکرد کبوترخانه های خوانسار و گلپایگان همانند سایر کبوترخانه های مناطق دیگر ایران تولید کود برای تقویت زمین های کشاورزی بوده است.