محدودیت منابع و عوامل تولید از بزرگ ترین چالش های اقتصادی است. از این رو در این تحقیق سعی شده است تا با استفاده از ترکیب روش اقتصادسنجی پانل دیتا و مدل برنامه ریزی هندسی (حالت خاصی از برنامه ریزی غیر خطی)، الگویی در راستای تخصیص بهینه مهم ترین نهاده های تولید به زیربخش های مختلف کشاورزی کشور تعیین گردد. هدف این الگو دستیابی به بیشترین حجم ارزش افزوده در بخش کشاورزی با توجه به محدودیت منابع و نهاده های تولید می باشد. متغیرهای تصمیم در این تحقیق مقدار و درصد بهینه تخصیص نیروی کار، حجم سرمایه گذاری و انرژی به هر یک از بخش های زراعت، باغبانی، دامداری، طیور، شیلات و صنایع تبدیلی و تکمیلی می باشد. دوره ی زمانی مورد استفاده در این تحقیق 7 ساله(1375تا 1388) و به صورت مقطعی می باشد. نتایج این تحقیق درصدهای بهینه تخصیص نهاده های تولید را به هر یک از زیربخش های کشاورزی تعیین نموده که حاکی از آن است که الگوی فعلی تخصیص نهاده های نیروی کار، حجم سرمایه گذاری و نهاده ی انرژی در زیربخش های کشاورزی کشور بهینه نمی باشد و با اجرای الگوی بهینه پیشنهادی کشور می تواند به 5% ارزش افزوده بیشتر(یعنی حدود 18730 میلیارد ریال) در بخش کشاورزی دست یابد.