ملاصدرا، واقع گرایانه بر محدودیت معرفت بشری تأکید کرده و به طور دائم و با تعابیر گوناگون، مخاطبان خود را به پذیرش این حقیقت توجّه داده است. یکی از مهم ترین محدودیت هایی که ملاصدرا برای معرفت در نظر گرفته، محدودیت در شناخت مراتب بالا و پایین وجود است. این محدودیت، بر اساس مبانی هستی شناختی و معرفت شناختی صدرا شکل گرفته و به طور کامل بر نظریات اصلی او مبتنی است. از جملة این اصول، اصل تشکیک در وجود است. یکی از فروعات و لوازم این اصل این است که وجود، مراتب پایینی و بالایی دارد. در بالا، خدا، عقول مجرّد و موجودات مفارق قرار دارند؛ و در پایین، مادّه، جسم، حرکت، زمان، قوّه و ... قرار دارند. صدرا، مطابق با تعریف وجودی ای که از معرفت ارائه داده، شناخت موجودات واقع در این دو طرف را ناممکن خوانده است. البته ملاصدرا در بحث محدودیت معرفتِ مراتب بالا، بیشتر بر محدودیت ادراک خدا متمرکز شده و در بحث محدودیت معرفتِ طرف پایین، به محدودیت ادراک مادّه توجّه بیشتری نشان داده است. او، استدلال ها و مباحث مفصّلی را برای توجیه و اثبات محدودیّت در شناخت مراتب بالا و پایین وجود ارائه کرده؛ و این محدودیت ها را بر اساس مبانی معرفتی خود توضیح داده است.