از دیدگاه معرفت شناسی، با توجه به ظهور نظریه سیستم های پیچیده و دینامیک و این حقیقت که فراگیری زبان در یک اکوسیستم دارای اجزای مرتبط و درهم تنیده صورت می گیرد، مفهوم و فرایند تحقیق در فراگیری زبان دوم نیازمند بازنگری اساسی است. تحقیق حاضر به بررسی ویژگی ها و مشخصات بنیادین نظریه سیستم های پیچیده و کاربرد آن در تحقیقات فراگیری زبان دوم می پردازد. با توجه به مشخصات نظریه مزبور، استدلال می کنیم که روش های متداول و مسلط تحقیق در فراگیری زبان بسیار ساده انگارانه هستند و قادر به بررسی ماهیت واقعی فراگیری زبان نیستند. ما بر این عقیده ایم که دیدگاه نیوتنی نسبت به تحقیق در فراگیری زبان برای مطالعه بیچیدگی های تحقیق در فراگیری زبان کافی نیست. با در نظر گرفتن فرضیه سیستم های پیچیده، تحقیق به عنوان سیستمی پیچیده، دینامیک، غیرخطی، باز و تطبیقی جهت یافتن راه حل های احتمالی سوالات باز تعریف می شود.