آسیب های زیست محیطی ناشی از فعالیت های اقتصادی مهم ترین پیامد جنبی منفی مؤثر بر رفاه جامعه شناخته می شود. انتشار آلودگی همراه با افزایش فعالیت های اقتصادی، تأثیر مثبت افزایش تولید و رشد اقتصادی بر رفاه اجتماعی را کاهش می دهد. از این رو دغدغه سیاستگزاران اقتصادی در تدوین برنامههای اقتصادی، کنترل آسیبهای زیست محیطی ناشی از گسترش فعالیت اقتصادی می باشد. یکی از این ابزارهای کنترل وضع مالیات بر آلودگی است. از این رو هدف اصلی این مقاله برآورد سطح بهینه مالیات بر آلودگی در اقتصاد ایران با استفاده از یک الگوی رشد تعمیم یافته می باشد. به این منظور، یک الگوی سه بخشی شامل خانوار، بنگاه و دولت در نظر گرفته شده که پس از حل الگو با استفاده از آمار مربوط به اقتصاد ایران مقدار بهینه مالیات بر آلودگی محاسبه شده است. پس از کالیبره کردن الگوی حل شده، نرخ بهینه مالیات بر آلودگی 8/7 هزار ریال به ازای هر تن انتشار CO2 بدست آمده است.