مفهوم نوآوری در طی سال های اخیر با تحولات زیادی همراه بوده است. براساس نظریات جدید، نوآوری حاصل مجموعه ای نظام مند از عناصر و مولفه هاست که در نتیجه آن، یک ایده به محصول و یا فرآیند تجاری تبدیل می شود. در مطالعات تجربی تاکنون، اجزای زنجیره نوآوری به صورت مجزا مورد بررسی قرار گرفته است به همین دلیل، در این مقاله تلاش شده است برای اولین بار، مولفه های مختلف این زنجیره، شامل مخارج تحقیق و توسعه، انباشت سرمایه فیزیکی و سرمایه انسانی و ثبت اختراع (پتنت) به تفکیک داخلی و خارجی به عنوان یک مجموعه منسجم مدلسازی شده و تأثیر بلندمدت آن بر بهره-وری کلی عوامل در ایران مورد ارزیابی و تحلیل قرار گیرد. به این منظور از روش های اقتصادسنجی سری های زمانی چندمتغیره شامل روش همگرایی متقابل و مدل تصحیح خطای برداری (VECM) به منظور ارزیابی رفتار بلندمدت مولفه های نوآوری و بهره وری عوامل استفاده شده است. نتایج نشان می-دهد که به غیر از متغیر نسبت نیروهای دانشی به کل نیروی کار، سایر مولفه های نوآوری ملی در بلندمدت، تأثیری مثبت بر بهره وری کلی عوامل در اقتصاد ایران داشته اند. در این میان، ثبت پتنت خارجی و داخلی به ترتیب با داشتن ضریب تاثیر نرمال شده 58/0 و 48/0، بالاترین تاثیر را بر شاخص بهره وری کلی عوامل در افق بلندمدت بر جای نهاده اند.