بیوت مراجع تقلید شیعه نه فقط به معنای دفتر کار و کارگزاران اداری، مالی و علمی مرجع بلکه در معنایی وسیع تر به مثابه سیستمی معناپرداز و تصمیم ساز که در اطراف و حواشی مرجع تقلید شکل می گیرد، از مهم ترین مراکز تأثیرگذار بر عملکرد مراجع و مناسبات آنها با یکدیگر بوده اند. مناسبات بیوت آیات خویی و خمینی در نجف، از آنجا که اولاً مربوط به دو تن از مهم ترین و تأثیرگذارترین مراجع معاصر بوده و ثانیاً از این باب که با نهضت اسلامی و انقلاب ایران گره خورده است، موضوعی قابل توجه در مطالعات تاریخ معاصر جلوه می کند. مناسباتی که از همکاری و صمیمیت آغاز و در نهایت به اختلافات آشکار و دشمنی رسید.
مقاله حاضر با تکیه بر مطالعات اسنادی و کتابخانه ای، با بازخوانی روایات بازمانده از آن برهه، سعی کرده است تا این مناسبات را بر اساس دو شاخصه چارچوب های نظری و اولویت های عملی طرفین بررسی و تحلیل نماید. نتایج این پژوهش نشان می دهد که به سبب تفاوت های آشکار طرفین در مبانی نظری و اولویت های عملی، وقوع معارضات، امری طبیعی بوده است. اما عدم درک شفاف طرفین از این تفاوت های بنیادین یا قائل نشدن مشروعیت و حقانیت- حتی به شکلی حداقلی- برای چارچوب ها و اولویت های طرف دیگر، کار اختلاف را به دشمنی کشانده و برخی رفتارهای غیراخلاقی طرفین در حق یکدیگر را توجیه نموده است.