هدف اصلی از تشکیل مناطق آزاد در کشورمان، وجود جایگزینی برای توسعه صادرات انحصاری نفتی بود. جهت نیل به اهداف مندرج در قوانین مناطق آزاد و برنامه های پنج ساله، طبق ماده ۵ قانون چگونگی اداره مناطق آزاد، سازمان منطقه آزاد، به عنوان یکی از نهادهای اصلی تنظیم و تصدی امور مناطق، از حیث فعالیت و ساختار، تقریباً مستثنی از قوانین تجاری و عمومی دولتی سرزمین اصلی طراحی گردید. این استثنائات، در دو حوزه اداره امور سازمان مناطق و نظارت بر این سازمان، قابل تبلور است. پرسش اصلی مقاله آن است که «نظر به مستثنی شدن سازمان مناطق آزاد تجاری- صنعتی ایران از مقررات عمومی مالی و دولتی، سازوکار نظارت بر این سازمان چیست؟». نگارنده در پاسخ به این سؤال، ابتدا مفاهیم و خصوصیات مناطق آزاد را تبیین می کند و پس از اشاره به نهادهای دخیل در سیاست گذاری و اداره امور مناطق، بیان ساختار قانونی سازمان منطقه آزاد و ارزیابی نحوه نظارت بر این سازمان، اشعار می دارد که با عنایت به وضع حقوقی موجود سازمان منطقه و تدقیق در مشروح مذاکرات تصویب قانون مزبور در مجلس شورای اسلامی درخصوص بودجه و استثنائات قانونی سازمان منطقه، این مناطق از شمول نظارت های عمومی سرزمین اصلی خارج است. لذا جهت جلوگیری از مفاسد اداری و اقتصادی این سازمان مستقل و شفافیت در پاسخ گویی آن، پیشنهادهای قانونی مربوطه در قالب نتیجه ارائه می شود.