یکی از مباحث منطقی که با پذیرش اصالت وجود دستخوش تحول جدی شد، مسئله «کلی و جزئی» است. ملاصدرا در این مسئله با بهره گیری از اصالت وجود و فروع برآمده از آن، نظریه جمهور حکما را متحول کرده و آن را بگونه یی متناسب با مبانی فلسفه اصالت وجودی خود بازسازی نمود. از نظر ملاصدرا ملاک کلیت، وجود عقلی و ملاک جزئیت، وجود خاص مادی و مثالی است. معلوم برای رسیدن به مرتبه کلیت باید از وجود خاص مادی و مثالی تجرید شود. این تجرید، حقیقتی متفاوت با تجرید تقشیری جمهور حکما دارد و میتوان از آن به «تجرید ارتقایی» تعبیر کرد. بعقیده ملاصدرا اشکال معروف «اجتماع کلیت و جزئیت» با مبانی جمهور حکما قابل رفع نیست اما با مبانی اصالت وجودی او بسادگی برطرف میشود. همچنین، به اعتقاد وی تعریف اشتراک، اضافه وجودی موجود عقلی به افراد است نه حضور بالقوه ماهیت در افراد.