استاد جوادی آملی درباره رابطه عقل و دین دیدگاه بدیعی ارائه کرده است. ایشان با بازخوانی محل نزاع و ارائه تعریفی متفاوت از عقل در این مباحث، دو حوزه نسبتاً منحاز انگاشته عقل و دین و علم و دین را به هم پیوند می زند. در نتیجه با بازشناسی نسبت عقل و دین، به پرسش امکان یا عدم امکان تحقق علمی دینی نیز پاسخ داده می شود. وی عقل را در این مباحث به معنای وسیعی که معادل تمامی دریافت های متعارف انسانی است به کار برده است. عقل به این معنا هر دریافت بشری را پوشش می دهد و از سوی دیگر مراد از دین نیز صرفاً معارف منقول نیست، بلکه اگر مؤدای قول خداوند دینی است، محتوای فعل او به طریق اولی چنین است. این گونه است که عقل در کنار نقل معتبر به منبعی از منابع معرفتی دین تبدیل و امکان تعارض آنها از اساس منتفی می شود. با تبیین رابطه عقل و دین، چگونگی رابطه علم و دین نیز روشن می شود. اگر علوم تجربی درهندسه معرفت دینی جایگاه خود را درست دریابند و در سایه فلسفه و دین به مطالعه جهان بپردازند به طبیعت به عنوان خلقت نگریسته و پرده از کتاب تکوین الهی بر خواهند داشت و به این اعتبار دینی خواهند بود. دیدگاه استاد جوادی در رابطه با علم دینی، دیدگاهی معتدل و واقع نگر است.