ارزش ، شاخص ارزیابی و سنجش کنش ها، اقدامات و رفتارهای افراد، گروه و سیستم بوده و ارزش شناسی مکتب سیستمی، به مفهوم مطالعه مجموعه ای از ارزش ها در شبکه ای از باورهای کلی است. اهمیت پژوهش حاضر از این جهت است که ابتدا با استفاده از روش تحلیل محتوا ماهیت ارزش، تبارشناسی ارزش ها از لحاظ طبقه بندی و تعیین جایگاه سلسله مراتبی آن ها در نظام ارزشی مکتب سیستمی کشف و تبیین شده و گزاره هایی مانند هدف، همکاری، حسابگری، کارآیی و اثر بخشی به مثابه ارزش های ابزاری و عام گرایی و همبستگی به عنوان ارزش های غایی و بقای سیستم در قامت ارزش محوری مکتب سیستمی مشخص گردیده و آن گاه، با بهره گیری از روش استنطاقی شهید صدر، داده های فراهم آمده به مثابه پرسش اساسی با هدف دریافت. پاسخ نقادانه قرآن کریم نسبت به ارزش های مکتب سیستمی به آن معجزه جاودان الهی عرضه گردید. برآیند پژوهش نشان می دهد که ارزش های مکتب سیستمی هم از لحاظ ماهیت و هم از حیث ابزاری، غایی و محوری بودن مورد نقد جدی قرآن کریم بوده و مردود است؛ و ایمان، نماز، صبر و عمل صالح از مهم ترین ارزش های ابزاری است و دستیابی به فضل (خیر، احسان و شرف) الهی، مغفرت و اجر از برجسته ترین ارزش های غایی و رضوان الهی شاخص ترین ارزش محوری سیستم قرانی می باشد.