پس از سقوط سامانیان، سرزمین ماوراءالنهر در شرق خراسان، تحت حاکمیت اقوام ترک مسلمان، موسوم به قراخانیان، قرار گرفت که بیش از دو قرن، یعنی از سال 389ـ609 ق. (هفت سال قبل از یورش مغولان به آن سرزمین)، دوام یافت. در سدههای پنجم و ششم هجری، گروههای زیادی از سادات علوی و شیعیان اسماعیلی، به سبب وجود شرائط خاص سیاسی، اجتماعی و اقتصادی، در ماوراءالنهر حضور یافته و مسکن گزیدهاند. این مقاله بر آن است تا حضور پیروان مذاهب شیعی در ماوراءالنهر را در سدههای پنجم و ششم بررسی کند.