یکی از رویکردهای دینی و دانشی در حوزه علمیه قم، رویکرد عرفانی است که از بدو تأسیس حوزه نوین این شهر، در آغاز سده کنونی تا زمان حاضر حیات داشته است. مخالفان این رویکرد در این دوره همواره به نقد جدی این رویکرد پرداخته اند. خاستگاه رویکرد عرفانی قم دو مکتب حکمی تهران و اخلاقیون نجف است و حامیان این رویکرد در پایبندی به میراث عرفانی اسلام و نقد جنبه های خانقاهی تصوف و نیز تطبیق آموزه های صوفیه با کلمات امامان شیعه و نیز ارائه تفسیر عرفانی از قرآن و روایات مانند سلف خود عمل کرده اند و همین امور باعث فاصله گرفتن آنان از تصوف محض شده است و درنتیجه، از اتهام صوفی بودن رهیده اند. همچنین، آن ها از فشار مخالفان خود نیز متأثرند و در استناد به کلمات صوفیه بسیار محتاط عمل می کنند و همواره بر تمایزات و اختلافاتشان با تصوف تأکید دارند. مسیر سومی در میانه نزاع موافقان و مخالفان و متأثر از این نزاع، در دهه های اخیر سر برآورده است که مدعایش گذر از عرفان موجود به سویِ عرفان ناب، راستین، حقیقی و بدون شائبه است. کوشش های معرفتی این دسته نقش مؤثری در حفظ و بقای گفتمان عرفانی و نیز آشناکردن مخالفان عرفان با این گفتمان داشته است و البته چنین رویکردی در شیعه بدیع نیست و پیش تر در آثار امثال فیض کاشانی بروز داشته است و این عده عملاً در برابر عرفان از جست وجوی عرفانی ناب با عناوینی چون عرفان وحیانی و اهل بیتی سخن می گویند.