نابرابری های اقتصادی و تبعیض منطقه ای یکی از عوامل اثرگذار بر رشد اقتصادی کشورهاست؛ به نحوی که تبعیض در بودجه ریزی دولت و نابرابری های اقتصادی در مناطق مختلف باعث سلب اعتماد مردم نسبت به کارکردهای دولت شده و بر متغیرهای کلان اقتصادی اثر می گذارد. ازاین رو، هدف این تحقیق، بررسی توزیع بودجه ریزی دولت و اثرگذاری تبعیض اقتصادی بر تولید ناخالص داخلی شانزده استان مرزی است. برای تحلیل داده های این تحقیق از محیط نرم افزار Eviews9 و روش مدل داده های تابلویی استفاده شده است. نتایج نشان می دهد که متغیر نحوه توزیع بودجه بین استان ها اثر منفی و معنی دار بر تولید ناخالص داخلی استان های مرزی دارد که با افزایش تبعیض در نحوه توزیع بودجه در استان های مرزی، تولید ناخالص داخلی به میزان 263/0 درصد کاهش می یابد. متغیرهای ارزش صادرات کالا و خدمات، بهره وری نیروی کار، پرداخت زکات و نیروی انسانی هرکدام اثر مثبت و معنی داری بر تولید ناخالص داخلی استان های مرزی دارد. جهت افزایش تولید ناخالص داخلی استان های مرزی پیشنهاد می شود علاوه بر اعمال سیاست های توسعه صادرات، بهبود بهره وری نیروی کار، ارتقای سرمایه انسانی و تشویق مردم به پرداخت زکات، تمام نیازها و ظرفیت های این استان ها جهت اختصاص بودجه دولتی مدنظر گرفته شود.