از زمان چاپ اولین جلد دایرهالمعارف قرآنی لیدن، اندیشمندان مسلمان و دانشجویان رشته-های مرتبط با علوم انسانی سعی در بررسی و نقد مقالات چاپ شده در این اثر مهم و با ارزش قرآنی داشته اند و بسیاری از مدخل های نگاشته شده در این دانشنامه را تحلیل و نقد کرده اند. از مدخل های مهم، دایرهالمعارف، مدخل "یهود و یهودیت" است که آن را آقای اُری روبین، استاد دانشگاه تلآویو و عضو هیئت مشاوران دایرهالمعارف که خود مسئولیت نگارش 15 مدخل دیگر از آن را بر عهده داشته است. یافتن نظرات وی در رابطه با نگاه اسلام به یهودیت حائز اهمیت است و در این تحقیق پس از بررسی مدخل مذکور و منابع نویسنده، می توان دریافت که وی با قرآن آشنایی داشته است. از طرفی نگارنده بر این باور است که اعتقادات یهودی ایشان بر مقالاتش عیان است و استفاده وی از منابعی که توسط غیرمسلمانان نگاشته شده باعث برداشت اشتباه از مبانی اسلام است. این مشکلات موجب شده که محقق بر این مدعا باشد که خوانندگان غیرمسلمان برخی از مدخل های این دایرهالمعارف را به علت عدم دسترسی به منابع صحیح اسلامی، دچار انحراف خواهند شد.
