مناطق ویژه اقتصادی در ایران با رویکرد تسهیل مبادلات بازرگانی و ترویج سرمایه گذاری داخلی و خارجی برای رشد و رونق اقتصادی مناطق و کشور تشکیل شدند. از جمله مهمترین مسائل حقوقی در ارتباط با این مناطق، وضعیت مالیاتی آن هاست که با ترویج و جذب سرمایه گذاری و تقویت ویژگی های اختصاصی این مناطق برای رونق اقتصادی ارتباط مستقیمی دارد و لذا می بایست تحت نظام حقوقی خاص ضوابط مالیاتی قرار بگیرد. در این پژوهش، تلاش می شود تا ضمن بررسی دقیق نظام مالیاتی حاکم بر این مناطق از رهگذر مطالعه مبنایی و تطبیقی با مداقه بر قوانین کشور، فعالیت های مشمول مالیات و معافیت های آن تبیین ارزیابی مناسبی درباره آن شود. در این پژوهش این نتیجه حاصله شد که معافیت های مالیاتی مناطق، در بیشتر موارد نسبت به مالیات های غیرمستقیم به ویژه فعالیت های اقتصادی فراملی بر قرار است و فقدان چشمگیر معافیت و امتیازات نسبت به مالیات های مستقیم و نیز مالیات غیرمستقیم در ارتباط با مبادلات بازرگانی با قلمرو گمرکی کشور از یک سو و پراکنده بودن ضوابط و احکام قانونی مالیاتی از سوی دیگر، از اهم اشکالات نظام مالیاتی ایران در این مورد به نظر می رسد که نوعاً ضوابط بازدارنده برای سرمایه گذاران تلقی می شوند.