در نظام ملی نوآوری، سیاست گذاری نیازمند فرایندی است که توانایی لازم برای تدوین و اجرای سیاست ها را داشته باشد. به منظور ترسیم تصویر کلان از وضعیت سیاست گذاری نظام ملی نوآوری لازم است تا فرایند سیاست گذاری از طراحی تا اجرا و نیز سیستم نظارت و ارزیابی مورد تحلیل قرار گیرد. در این مقاله فرایند سیاست گذاری در نظام ملی نوآوری ایران با استفاده از چارچوب نگاشت نهادی مورد بررسی قرار گرفته است. ابتدا با مرور ادبیات موضوع و مطالعه و بررسی اسناد موجود و مصاحبه با خبرگان، این فرایند شناسایی و عارضه های موجود در آن استخراج شد. سپس عارضه های به دست آمده با توزیع پرسشنامه در میان کارشناسان این حوزه، از طریق طیف پنج گزینه ای لیکرت، اعتبارسنجی و اولویت بندی شد. براساس یافته های تحقیق مهمترین عارضه های موجود در فرایند سیاست گذاری نظام ملی نوآوری ایران مربوط به سیستم نظارت و ارزیابی است و در نهایت راهکارهایی برای اصلاح سیستم نظارت و ارزیابی پیشنهاد شده است.
