کارایی عامل مهمی در زمینه ی رشد بهره وری، به ویژه در اقتصاد کشاورزی کشورهای در حال توسعه است. در این مطالعه با استفاده از رویکرد تحلیل پوششی داده ها، میزان کارایی44 واحد تولیدی پرورش ماهی، مرغ گوشتی و گاو شیری در سال 1388 اندازه گیری شد. در این مدل کارایی بر اساس میزان خروجی های مدل شامل اشتغال و درآمد هریک از واحدهای تولیدی محاسبه گردید. نتایج نشان داد که کارایی در واحدهای پرورش مرغ گوشتی شهرستان های گچساران و دنا، بهمئی و کهگیلویه به ترتیب رتبه های اول تا سوم را دارند. در واحدهای پرورش ماهی شهرستان دنا رتبه ی اول و بویراحمد رتبه ی دوم را به خود اختصاص داده-اند. در واحدهای گاوشیری شهرستان بهمئی با میانگین کارایی رتبه ی اول، شهرستان بویراحمد با کارایی رتبه ی دوم، گچساران رتبه ی سوم و شهرستان های دنا و کهگیلویه در رتبه های چهارم و پنجم قرار دارند. میانگین کارایی کل واحدهای تولیدی مورد مطالعه در استان نیز 85 درصد می باشد. با توجه به شرایط مناسب استان برای پرورش ماهی و کمتر بودن میزان سرمایه ی مورد نیاز برای هر فرصت شغلی در واحدهای پرورش ماهی در مقایسه با سایر رشته فعالیت های مورد بررسی، سرمایه گذاری در این رشته فعالیت توصیه می گردد. همچنین نتایج نشان داد که کارایی فنی رشته فعالیت ها در شهرستان های مختلف با هم متفاوتند، لذا با پیدا کردن علل تفاوت این وضعیت می تواند به بهبود وضعیت در شهرستان های ناکارا کمک نماید.
