در اثر نهادینه شدن قانون هدفمندسازی یارانه ها، یارانه های پرداختی به محصولات کشاورزی دچار تغییراتی گردیده است. این تغییرات ضمن متاثر ساختن برخی متغیرهای اساسی مانند تقاضای محصولات کشاورزی، بهره وری کل عوامل تولید این بخش را نیز متاثر می سازد. لذا در این مطالعه تاثیر یارانه های پرداختی به بخش کشاورزی و نیز بخش زراعت و باغبانی که سهم عمده ارزش افزوده بخش کشاورزی را به خود اختصاص داده است، در قالب مدل خودتوضیح برداری مورد بررسی قرار می گیرد. در این مطالعه جهت محاسبه بهره وری کل عوامل تولید از شاخص مالم کوئیست و به منظور استخراج شوک های بهره وری از فیلتر هودریک- پرسکات استفاده شد. نتایج نشان داد که یارانه ها سبب کاهش شوک های منفی بهره وری هم در کل بخش کشاورزی و هم در زیر بخش زراعت و باغبانی می شود.
