پس از ورود برخی از علمای شیعه به حوزه سیاست در دوره شاه تهماسب اول، مرحله جدیدی در مناسبات علما و فقهای شیعی آغاز شد. این مناسبات اگرچه در دوره شاه اسماعیل دوم با وقفه ای کوتاه مدت مواجه گردید، ولی هیچ گاه قطع نشد و در طی دوره صفوی تداوم یافت. مسئله این است که آن بخش از علما و فقهای شیعه که در دوره شاه تهماسب وارد صحنه سیاسی شده بودند و حتی شاه برخی از آن ها (از جمله محقق کرکی) را اختیاری در امور سیاسی بخشیده بود و از جنبه نظری نیز همان طور که منابع اشاره کرده اند به حق علما برای حکومت اذعان داشته است، چرا و تحت چه شرایطی از دوره عباس اول تا پایان دوره عباس دوم به رغم تداوم همکاری با صفویان نتوانستند جایگاهی را که محقق کرکی کسب کرده بود، باز یابند. در این مقاله با روش تحقیق تاریخی و با تکیه بر منابع اصلی به بررسی موضوع پرداخته و تلاش شده است به مسائل مطرح شده پاسخ داده شود.
بر اساس یافته های تحقیق در زمان شاه عباس اول مناسبات بین علما و دستگاه قدرت در مدار مشخصی قرار گرفت و شاه با تضعیف نیروهای قزلباش، قدرت را در دستان خود متمرکز ساخت و نیز از مداخله علما در امور سیاسی ممانعت به عمل آورد. شاه عباس هیچ گونه مداخله ای را که قدرت مطلقه اش را با چالش مواجه کند، نمی پذیرفت. علما نیز شرایط جدید را پذیرفته و علاوه بر همکاری عملی با شاه، به تأیید مشروعیت حکومت او مبادرت ورزیدند و این روند تقریباً تا پایان دوره شاه عباس دوم تداوم یافت و این شاه نیز هم چون جدش کوشید با قدرت مطلق حکومت کرده و در عین حال علما را در خدمت خود و حکومت صفوی نگه دارد و از آنها در نیل به اهداف سیاسی بهره مند گردد.