بیوانفورماتیک

هدف از پژوهش حاضر سطح همکاری و تحلیل ساختار شبکه همکاری های علمی پژوهشگران ایرانی حوزه علوم پایه پزشکی، درپایگاه استنادی علوم) سال 1996 تا سال 2013) انجام شده است. پژوهش با روش علم سنجی و با کمک شاخص های تحلیل شبکه انجام شد و جامعه آماری پژوهش شامل 1040 مقاله منتشر شده در سه حوزه سلول های بنیادی، پزشکی مولکولی و بیوانفورماتیک از زیرشاخه های علوم پایه پزشکی و از اولویت های علوم پایه در سند نقشه جامع علمی کشور بود. یافته ها نشان داد همکاری درون سازمانی در این حوزه 94/23 درصد، همکاری برون سازمانی 02/52 درصد و همکاری بین المللی 08/23 درصد است. یافته های پژوهش در تحلیل شبکه همکاری های علمی، برای چگالی شبکه عدد 018/0 ، ضریب خوشه بندی شبکه معادل 831/0 ، میانگین فاصله در شبکه همکاری برابر با 334/3  و قطر شبکه 9 است و از مولفه های شبکه همکاری حوزه علوم پایه پزشکی 24 مؤلفه محاسبه شده بود. یافته های شاخص های مرکزیت (خرد)، در مرکزیت درجه شبکه معادل 346/2 درصد، مرکزیت بینیت شبکه معادل 69/31 درصد و شاخص مرکزیت نزدیکی معادل 522/3 و شاخص بردار ویژه شبکه معادل 18/85 درصد بدست آمد. نتایج تحقیق نشان داد شبکه همکاری در حوزه علوم پایه پزشکی از انسجام کافی برخوردار نبوده و ارتباط و همکاری علمی لازم بین پژوهشگران صورت نگرفته است. 

مقدمه:اختلال افسردگی اساسی، یک اختلال روانی است که در زنان دو برابر مردان رخ می دهد. در هر دو جنس، میانگین سن مبتلایان به اختلال افسردگی اساسی حدود 25 سال است. مطالعات خانوادگی و دوقلویی و اپیدمیولوژیک همه به ویژگی های چند عاملی و چند ژنی صفات روان پزشکی اختلال افسردگی اساسی اشاره دارند. هدف از این مطالعه، غربال گری ژن های مرتبط با بیماری زایی اختلال افسردگی اساسی توسط بیوانفورماتیک بود. روش کار: با استفاده از داده های ریزآرایه GSE98793 از پایگاه داده GEO، 223 ژن متفاوت بیان شده (DEGs) از مقایسه نمونه های زن بیمار با کنترل توسط نرم افزار TAC به دست آمد. ژن های Hub از طریق STRING و Cytoscape و سپس روش غنی سازی KEGG غربال گری شدند. یافته ها: در مقایسه نمونه های زن بیمار با گروه کنترل 103 ژن افزایش بیان و120 ژن کاهش بیان نشان دادند. نتایج تجزیه و تحلیل غنی سازی مسیر KEGG و panther از مقایسه نمونه های زن بیمار با گروه کنترل نشان داد که DEG ها عمدتاً در مسیر سیگنال رسانی HIF-1، مسیر سیگنال رسانی FOXO، مسیر تمایز سلول های Th-17، مسیر سیگنال رسانی PI3K-Akt، مسیر مرگ برنامه ریزی شده سلول (فروپتوزیز) و مسیر سنتز پورین ها مهم بودند. نتایج این مطالعه نشان داد که ژن های IGF1R و ATM با افزایش بیان و ژن GMPS با کاهش بیان برای زنان این بیماری نیز می تواند گزینه مناسبی جهت اهداف درمانی باشند. نتیجه گیری: ژن های کلیدی که با تجزیه و تحلیل داده های ریزآرایه در مطالعه حاضر به دست آمد، سرنخ های مهمی برای آشکار کردن ساز و کار مولکولی و درمان هدفمند بالینی افسردگی در زنان فراهم می کند.

تنظیم بیوسنتز کلسترول فرایندی پیچیده و به شدت کنترل شده است که شامل شبکه ای از ژن ها می شود که سنتز، تنظیم و هومئوستاز سطح کلسترول را هماهنگ و تنظیم می کنند. در این مطالعه به تحلیل ژن های کلیدی مانند Idi1، Fdps، Sqle، Hmgcs1 پرداخته شده است که در بیوسنتز کلسترول، متابولیسم لیپیدها و سیگنالینگ سلولی نقش های اساسی دارند. مدل سازی محاسباتی این شبکه های تنظیمی می تواند تعاملات پیچیده بین این ژن ها و مکانیزم های تنظیمی آن ها را در شرایط مختلف ازجمله رژیم های پرچرب، نمایان کند. تحلیل بیوانفورماتیکی ما تأثیر رژیم غذایی پرچرب و فعالیت ورزشی بر این ژن ها را بررسی کرد و به بررسی تنظیمات دینامیک مسیرهای بیوسنتز کلسترول و قابلیت تنظیم آن ها پرداخت. علاوه بر این، شناسایی اهداف دارویی جدید مانند MicroRNAها می تواند به استراتژی های درمانی نوآورانه برای مدیریت دیس لیپیدمی منجر شود. با ترکیب رویکردهای زیست شناسی سیستمی و ابزارهای محاسباتی، هدف مطالعه حاضر این بود تا درک بهتری از متابولیسم کلسترول به دست آورد و تأثیر فعالیت ورزشی و مداخلات دارویی جدیدی را برای اختلالات لیپیدی شناسایی کند. یافته ها نشان داد، مسیرهای بیوسنتز کلسترول با استفاده از داده های رونویسی تحلیل شده و ژن های هاب درگیر در این مسیرها شناسایی شدند. همچنین تجزیه و تحلیل خوشه ای شبکه نتیجه تحلیل های GO و KEGG را تأیید کرد. نتیجه گیری می شود، این مطالعه فهرستی از ژن های هاب، مسیرهای مهم و بینش های جدید برای توسعه استراتژی های مدیریت بیوسنتز کلسترول را ارائه کرده و مکانیسم های اساسی پاسخ کبد را روشن می کند.