قابل ثبت شناخته شدنِ اختراعات بیوتکنولوژیکی توسط ادارات ثبت اختراع کشورهای صنعتی در دو دهه اخیر و رشد روزافزون اعطای ورقه‌های اختراع در این زمینه، قطع نظر از پاره‌ای اشکالات فنی، از لحاظ اخلاقی موجب چالشها و مجادلات قابل توجهی شده است. بعضی از این چالشها ناشی از نگاه انتقادی به اصل زیست فنّاوری و آثار زیست محیطی ناشی از دست ورزیهای ژنتیکی در موجودات زنده است و بعضی راجع به برقراری منافع انحصاری برای صاحبان امتیاز اختراع و محدود شدن دسترسی اشخاص ثالث به فنّاوریهای زیستی و همچنین تشدید رویکرد تجاری به حقوق مالکیت فکری است. اما بعضی از انتقادها، به‌طور خاص، ناظر به دلالتها و آثار اعطای ورقه‌های اختراع در این رشته، مانند مال تلقی کردن حیات، به‌طور اعم، و ژن و اجزای بدن انسان، به‌طور اخص و نقض کرامت انسان و بعضی مربوط به سرقت زیستی و بهره برداری غیر عادلانه تحصیل کنندگان ورقه‌های اختراع در کشورهای صنعتی از منابع ژنتیک و دانش سنتی جهان سوم است. در این مقاله پس از بررسی تحولات قانونی مربوط و بیان جایگاه ملاحظات اخلاقی در حقوق و قوانین ثبت اختراع، ضمن مطالعه موردی چند نمونه معروف از ورقه‌های اختراع بحث برانگیز در زمینه‌های مختلف بیوتکنولوژی، چگونگی مواجهه اداره‌های ثبت اختراع با این چالشها بررسی شده است. در قوانین ثبت اختراع بعضی از کشورها، مانند ایالات متحده، اساساً ملاحظات اخلاقی مد نظر قرار نگرفته، اما در بسیاری از قوانین، مانند کنوانسیون اروپایی ثبت اختراع و بعضی از موافقتنامه‌های جدید بین‌المللی و منطقه‌ای، مانند موافقتنامه راجع به جنبه‌های مرتبط با تجارت حقوق مالکیت فکری و دستورالعمل پارلمان و شورای اروپا در باره حمایت قانونی از اختراعات بیوتکنولوژیک، اختراعات مخالف با اخلاق غیر قابل ثبت شناخته شده است؛ لکن با توجه به کلی و گنگ بودن مفهوم اخلاق از یک سو و آثار و منافع اقتصادی سرشار حاصل از اختراعات بیوتکنولوژیک و رقابت تجاری کشورها با یکدیگر، از سوی دیگر، اداره‌های ثبت اختراع با رویکردی کارکردگرایانه، این قبیل استثناها را بسیار مضیق تفسیر می‌کنند و علی‌رغم حجم گسترده اعتراضهای اخلاقی، جز در موارد بسیار نادر، به ملاحظات اخلاقی توجه جدی ندارند.
