از مهمترین دلایل اثبات جرم، استفاده از ادله علمی در کشف و اثبات جرایم و پیشگیری از آن است. چالش های متعددی پیش روی کاربرد این نوع ادله در حقوق کیفری ما وجود دارد که با مراجعه به متون موجود از طریق روش توصیفی- تحلیلی و بررسی آراء قضایی، چالش های تقنینی و قضایی را می توان جزء مهمترین آنها دانست. به نظر می رسد موضوعیت ادله به عنوان مهمترین چالش می تواند کاربرد ادله علمی را تحت الشعاع قرار دهد. تعدد متولیان و مقررات در حوزه کارشناسی، تشتت رویه و نارضایی به وجود می آورد و فقدان مقررات ناظر بر حریم خصوصی، می تواند موجب سوء استفاده متهمان و ضابطین گردد. بخشی از بی توجهی به ادله علمی در قانون و نظرات فقها قابل پیگیری است. البته اطاله دادرسی در مواردی هم که استفاده از ادله علمی مورد وفاق است وجود داشته که ناشی از عدم رعایت مقررات است. تجدیدنظر در قانون مجازات در راستای رفع موضوعیت ادله و عدم الزام قاضی به صدور حکم طبق ادله موضوعی، تصویب مقررات مرتبط با حریم خصوصی در هنگام استفاده از ادله علمی، تأمین نیروی انسانی مجرب و آموزش پیوسته آنان، تزریق اعتبارات کافی و تجهیز مراکز شهرستانی در جهت بهبود کیفیت خدمات ارائه شده از سوی سازمان پزشکی قانونی، یکپارچه کردن نهاد و مقررات حاکم بر فرآیند و اجرای کارشناسی، افزایش نظارت بر عملکرد کارشناسان و ارزشیابی و رتبه بندی آنان بر مبنای عملکرد و محاسبه دستمزد بر اساس رتبه می تواند منجر به بهبود کارایی ادله علمی در حقوق کیفری ایران شود.
