قرآن کریم در بیش از سیصد آیه، انسان ها را به تفکر و تعقل دعوت کرده است. از منظر علامه طباطبایی تفکر مورد تأکید و تأیید قرآن کریم چیزی جز روش تفکر منطقی و فلسفی نیست؛ بنابراین عقل در کنار نقل یکی از منابع معرفت دینی است. از دیدگاه ایشان تعارض میان حکم قطعی عقل با حکم قطعی نقل، احتمالی بی مورد و اساساً محال است. در صورت تعارض دلیل عقلی قطعی با ظاهر دلیل نقلی، دلیل عقلی بر دلیل ظنی نقلی مقدم خواهد بود. مرحوم علامه اشکالات منکران روش استدلال منطقی و فلسفی را به تفصیل پاسخ می دهد و از سویی دیگر روش بحث در علم کلام را به دلیل آنکه بر تعقل برهانی و تفکر استدلالی منطبق نیست، به شدت انکار می کند. رهاورد دیدگاه علامه طباطبایی اتحاد عقل و وحی و همسویی آموزه های وحیانی با دستاوردهای عقلی فلسفی است.