به موجب ماده 94 قانون برنامه چهارم توسعه اقتصادی، اجتماعی و سیاسی، دانشگاه ها صرفا بر اساس آیین نامه ها و مقررات اداری، مالی، استخدامی و تشکیلاتی خاصی که به تصویت هیئت های امنای مربوط می رسد و مورد تایید ویز ذیربط قرار می گرد، بدون الزام به رعایت قانون محاسبات عمومی، استخدامی کشوری و سایر قوانین و مقررات عمومی، اداری، مالی و استخدامی، اداره می شوند. اعتبارات هزینه ای از محل بودجه عمومی دولت و بر اساس بهای تمام شده به دانشگاه ها اختصاص می باید و اعتبارات تخصیص یافته، کمک دولت تلقی می گردد. از سوی دیگر، کمک مذکور به دانشگاه های دولتی بر مبنای هزینه سرانه تعیین می شود.