مرحله اجرای احکام کیفری، ثمره فرایند رسیدگی کیفری و برآمد همه تلاش های پیشین مجریان قانون است. سیستم عدالت کیفری در این مرحله، دارای نهادها و کنشگرانی است که وظیفه اجرای آرای مختلف کیفری را برعهده دارند. بررسی نظام های حقوقی مختلف، نشانگر آن است که دو الگوی کلی درزمینه ساختار اجرا وجود دارد. در بسیاری از کشورها، اجرای احکام بر عهده نهاد دادسرا نهاده شده که خود می تواند زیرمجموعه قوه مجریه و یا قوه قضاییه باشد و در برخی از کشورها، اجرای احکام برعهده نهاد دادگاه گذارده شده و این مرجع همان دادگاه صادرکننده حکم و یا دادگاه مستقل اجرای احکام است. به هر روی، ساختار و شیوه اجرای احکام، مبتنی بر یک سلسله قواعد و مقررات است که برآمده از اصول دادرسی منصفانه هستند. این اصول که نتیجه سال ها تلاش انسان برای انسانی کردن حقوق کیفری است، در اسناد جهانی موردِپذیرش قرار گرفته و راهنمای قانونگذاران در ایجاد تشکیلات مناسب و چگونگی اجرای آرای کیفری هستند. یکی از مهم ترین اصول دادرسی منصفانه مربوط به اجرا که تاکنون کمتر به آن پرداخته شده، اصل استقلال قضایی در اجرای احکام کیفری است که دارای دو جنبه استقلال ساختاری و شخصی است؛ یعنی هم نهاد و هم قاضی اجرا باید مستقل باشند. اما این اصل در ایران با چالش های جدی مواجه است؛ زیرا اکنون از یک سو، معاونت اجرای احکام کیفری، زیرمجموعه دادسرا است و قاضی اجرا نیز اصولاً تحت نظارت دادستان عمل می کند که هر دو فاقد استقلال کامل در اجرای احکام می باشند و از دیگر سو، قاضی اجرا، صلاحیت تغییر در کیفر و استفاده از نهادهای اصلاحی و ارفاقی همچون آزادی مشروط و تعلیق اجرای مجازات را ندارد که مغایر با اصل استقلال قضایی و فردی کردن کیفرها است. حال آنکه در سایر نظام های حقوقی، گام های جدی درزمینه استقلال قضایی ساختاری و شخصی در مرحله اجرای احکام کیفری برداشته شده است.
