بحث اسلامی سازی علوم در جهان اسلام از مسائل مهم در عرصه علوم انسانی است که در چند دهه اخیر ذهن بسیاری از متفکران حوزه علم و دین را به خود مشغول کرده است. پژوهش در مبانی و مبادی معرفت شناختی و روش شناختی دیدگاه های مطرح در حوزه علم دینی، یکی از نیازهای اساسی متفکران عرصه علوم انسانی و اجتماعی است. بحران های ناشی از علم گرایی و افراط در نظریات تعارض علم و دین در دو قرن اخیر، همکاری علم و دین و به تبع آن امکان علم دینی و خداباور را با چالش و تردید مواجه کرده است. فاروقی با تأکید بر میراث اسلامی و توجه به ضعف های نظام آموزشی سنتی و غربی، اسلامی سازی علوم را در گرو اصلاح نظام آموزشی و ادغام دو سیستم سنتی اسلامی و جدید غربی با محوریت اسلام می داند. اهمیت دیدگاه فاروقی در شناخت و تبیین ضعف ها و کاستی های نظام آموزشی اسلامی و نگاه آسیب شناسانه به علوم جدید است. ضعف نظریه فاروقی نیز در این است که وی در تلفیق میراث اسلامی با علوم جدید نتوانسته راهکاری مناسب برای سازگار کردن این دو سیستم ارائه دهد؛ همچنین نتوانسته روش شناسی مناسبی برای اجرایی کردن مراحلی که در دستور کار قرارداده است، عرضه کند.